Para manipular o Menu no Linux é necessário utilizar o pacote Kmenuedit, que em algumas distribuições já vem instalado, no Linux Educacional ele não vem instalado, por isso use o seguinte comando para instalá-lo:
# aptitude install kmenuedit
Ele estará disponível em:
Menu > Executar Comando...

Digite
kmenuedit e tecle enter.
No
Linux Educacional 1.0, os itens "Ministério da Educação" e "Hinos Nacionais" são do tipo Submenu os demais itens são do tipo Item, criados a partir do submenus acima citados. Basta deixar o Menu como o dos outros PCs, conforme o exemplo que segue:

No
Linux Educacional 2.0, os Menus já estão criados, mas no caso de atualizar o Linux Educacional 1.0 para a versão 2.0, você terá que alterar alguns detalhes, pois o Conteúdo do MEC está organizado de maneira diferente nas duas versões.
Começarei pelo
RIVED (Objetos de Aprendizagem), neste basta trocar as letras em maiúsculas por minúsculas do diretório
rived.

Para os itens
DVDs da TV Escola e
Obras Literárias (Domínio Público), é necessário alterar os campos
Nome e o
Comando como destacados nas figuras abaixo:


Agora mova (arrastando) os itens alterados acima para fora de seus submenus originais, posicionando os conforme abaixo:

Para excluir os itens desnecessários, marque eles e clique em excluir.

Para salvar estas modificações, basta clicar no primeiro ícone e pronto, a figura abaixo mostra como ficará o Menu.

Os itens referentes aos
Hinos Nacionais não necessitam de edição.
Agora vamos editar o Painel superior de atalhos.
Clique com o botão direto sobre o ícone do
TV Escola e escolha
Remover, repita a ação com o ícone do
Dominio Público.
Clique novamente com o botão direito sobre o Painel, agora faça como mostra a figura (abaixo) para adicionar o
Domínio Público corrigido, repita o processo para adicionar o
TV Escola.

Se desejar colocar os ícones na ordem original, clique com o botão direito sobre o ícone que deseja movimentar, e escolha a opção
Mover Botão ... movimente o mouse até a posição que deseja posicioná-lo e clique com o botão esquerdo.

Pronto seu Painel ficará com essa aparência:

PS: No caso de reinstalação do sistema Linux Educacional 2.0, onde o PC de origem veio do MEC já com a versão 2.0, basta copiar a pasta /home/ConteudoMEC/ que os atalhos funcionaram sem problemas.